Só sei que me vi grega para meter os gmail todos de volta (do trabalho etc) e por sorte um deles eu tinha ligação com um outro email (nem lembrava) se não, já era.
imagino que tenha limpado os dados, você ou alguma configuração automática, algum problema de sincronização ou algum bug no teu perfil. Cria um novo perfil só pra teste ou troca de navegador, nunca tive esse problema no Chrome e o motivo de usa-lo é justamente as senhas e favoritos. Por garantia, de tempos em tempos ou quando incluir uma senha nova, exporta um arquivo csv pelo próprio navegador e salva no computador, caso isso aconteça é só restaurar