"No sisu vc só pode aplicar em duas faculdades"

Errado! No Sisu você pode escolher uma

vaga para qualquer instituição ou Universidade pública (estadual/federal) de nível superior em qualquer estado brasileiro.

O ProUni e o Fies que limitam apenas para as faculdades privadas. No ProUni você pode conseguir a bolsa parcial ou a integral, no Fies você terá que pagar pelo curso assim que finalizar, mas antes precisa de um fiador.