Tem vantagens e desvantagens.
A vantagem que as faculdades públicas tem o ensino melhor

e não cobra nada. A desvantagem eh que algumas cadeiras já cursadas podem não ser aproveitadas e tu vai ter que cursar a mesma disciplina, principalmente se tiverem carga horária diferentes. Se isso acontecer tu pode demorar um pouco mais para se formar.
Mas se tu ainda cursa os primeiros semestres eu acho que que compensa.