Porque pode-se considerar que o termo treino é usado para quem pratica de forma "profissional",

com uma planejamento estruturado e focado em objetivos. Quando se diz treinar, dá a entender que você pratica uma sequência de movimentos, que foca na contração, que é algo planejado, que você aprimora em cada sessão de exercícios. Talvez se popularizou devido a influência americana com o termo "training".
Já malhar, é uma gíria antiga usada para o ato de se exercitar. Pelo que eu pesquisei, malhar vem do termo em latim "malleus", que significa martelo/malho. Então, esse sentido se criou porque quem usava o malho pra bater em outra peça, com o tempo desenvolvia músculos. Geralmente é associado a fazer exercícios para manter a saúde sem tanto foco na estética, um hobby, etc.
Você pode usar tanto um termo como o outro, mas particularmente eu prefiro treinar.